Placer la grille au centre du four. Préchauffer le four à 400°F (200°C). Chemiser 12 moules à muffins de caissettes en papier ou en silicone.
Dans un grand bol, combiner les farines, la cassonade, la poudre à pâte, le bicarbonate de soude, la cannelle, le gingembre et le sel. Bien mélanger. Ajouter la compote de pommes, l’huile, la pomme râpée et la vanille. Bien mélanger. Incorporer les carottes râpées, les raisins, la noix de coco et les noix, mélanger jusqu’à l'obtention d'un mélange homogène. Répartir la préparation dans les caissettes.
Cuire 10 minutes à 400°F (200°C), puis réduire la température du four à 350°F (180°C), et faire cuire pendant encore 10 minutes, ou jusqu’à ce qu’un cure-dents inséré au centre d’un muffin en ressorte propre. Démouler et laisser refroidir sur une grille.